TargetScan，数据库简介

TargetScan是一个广泛使用的数据库，旨在预测和注释miRNA与靶基因的相互作用。

miRNA是微型RNA分子，能够通过一系列复杂的途径，包括靶基因抑制和基因表达调控等，对基因表达进行调节。 在许多研究中，研究人员使用TargetScan来预测miRNA与具体靶基因的相互作用，并探究它们可能对疾病和病理过程的影响。

TargetScan数据库分析了序列差异和保守性信息，以为研究人员提供高可信度的miRNA-靶基因预测数据。该数据库提供了广泛的生物信息学分析工具，包括网页版、下载版、API和软件工具。它还包含有关miRNA中心（首选靶向靶基因）的信息，包括它们的基因调控功能和受调控mRNA的不同富集类型。

在生物医学研究领域，TargetScan的应用非常广泛。例如，它已用于 study of lipid metabolism、神经发育、免疫应答以及肿瘤发生和治疗等多个领域。接下来，我们将具体介绍TargetScan的使用方法。

使用TargetScan进行miRNA-靶基因预测：

1. 打开TargetScan网站： https://www.targetscan.org/vert_72/

2. 选择你的物种（例如，人类、小鼠、果蝇等）。

3. 在目标预测页面中输入miRNA的名称（例如，假设我们输入的是 miR-21）。

4. 点击检索按钮，目标预测页面会显示该miRNA可能的靶基因列表。

5. 您可以点击“上游和下游共表达的miRNA”链接，以显示与miR-21共表达的其他miRNA。 点击“目标过滤器”链接可以调整靶向位点过滤器的参数。

6. 点击任何一个靶向位点，目标预测页面上方会显示有关该位点的详细信息、位置特征以及该位点的保守性等信息。

除了网页版，TargetScan还提供了丰富的下载和API。下载版包含了预测数据和软件工具，API则允许开发人员编写程序以访问和使用数据库的内容。

TargetScan可以帮助研究人员预测miRNA和靶基因之间的关系，探索miRNA的关键生物功能和疾病机制。下面给出一个实例，说明如何使用TargetScan预测miRNA的靶位点。

案例：使用TargetScan预测miR-126靶位点

miR-126是一种关键的miRNA，能够抑制多种癌症细胞系的生长和扩散。通过预测miR-126的靶基因，我们可以更好地了解它是如何发挥这种功能的，以及它是否可以被作为新的癌症治疗靶点。

我们可以按照以下步骤，使用TargetScan预测miR-126的靶位点：

1. 打开TargetScan的网页版，并选择“人类”作为物种。

2. 在前端页面，我们可以在“miRNA预测”工具中输入miR-126的名称。点击“检索”按钮。

3. 目标预测页面中会显示miR-126可能的靶向基因列表。我们可以按照不同的标准对其进行筛选，例如根据位置保守性、靶向位点数量、实验验证等指标筛选。

4. 我们可以点击任何一个靶向位点，在顶部的“predictive scores” 部分查看与该位点相关的Scroes情况，如该位点的保守情况，该位点是否在UTR区间，核苷酸最佳匹配和多种预测分数等。

结论

TargetScan是一个强大的miRNA-靶基因预测数据库，其丰富的生物信息学工具，使得研究人员能够预测miRNA与靶基因之间的相互作用及其参与的生物学过程，从而有助于研究人员更好地理解miRNA的生物功能和疾病机制。同时，对于研究者而言，了解如何使用TargetScan的能力是必不可少的技能之一。 如果你喜欢我们三七知识分享网站的文章， 欢迎您分享或收藏知识分享网站文章 欢迎您到我们的网站逛逛喔！https://www.ynyuzhu.com/